L'Istituto di Geografia venne costituito, nella Facoltà di Lettere, nel 1873; intorno al 1950 vi afferirono anche gli insegnamenti geografici della Facoltà di Magistero.
L'Istituto di Geografia Fisica venne costituito, nella Facoltà di Scienze, nel 1904.
L'Istituto di Geodesia che lo assorbì, verso il 1940, divenne dal 1962 Istituto di Fisica terrestre, Geodesia e Geografia fisica.
Di fatto, per impulso soprattutto del Prof. Giuseppe Morandini che insegnò Geografia fisica e Geografia tra il 1946 e il 1969, si operava già una integrazione didattica e scientifica tra i settori geografici delle Facoltà umanistiche e il settore geografico-fisico della Facoltà di Scienze; cio consentiva una migliore organizzazione delle ricerche e l'incremento delle attrezzature e dei servizi.
Con l'assegnazione, e poi la strutturazione, di un edificio specifico (il "Palazzo Wollemborg" in Via del Santo), si venne a realizzare ante litteram (tra il 1966 e il 1984) un organismo dipartimentale interfacoltà per le discipline geografiche dell'Università.
Nel 1968, da parte della Facoltà di Lettere e Filosofia, fu deliberata la denominazione Istituto di Geografia Giuseppe Morandini, trasferita all'attuale Dipartimento.
Quest'ultimo venne costituito ufficialmente con decreto rettorale dal 1 gennaio 1984.
Direttori del Dipartimento sono stati: